Rozporządzenie E-PRTR przewiduje wdrożenie Protokołu PRTR EKG ONZ na poziomie Wspólnoty. Protokół ten obejmuje rodzaje działalności określone w załączniku I do dyrektywy IPPC (który jest identyczny z załącznikiem A3 do decyzji w sprawie EPER). Protokół i załącznik I do rozporządzenia E-PRTR zawierają jednak kilka zmian i dodatkowych rodzajów działalności w porównaniu z załącznikiem I do dyrektywy IPPC: Zanieczyszczenia, progi uwalniania i transferu poza miejsce powstania
W przypadku prowadzenia działalności wyszczególnionej w załączniku I do rozporządzenia E-PRTR i przekroczenia progu wydajności w nim podanego zachodzi obowiązek zgłaszania uwalniania i transferów poza miejsce powstania, przy czym dodatkowy warunek stanowi, że muszą być również przekroczone określone wartości progowe uwalniania lub wartości progowe transferu poza miejsce powstania zanieczyszczeń zawartych w ściekach przeznaczonych do oczyszczenia lub wartości progowe odpadów.
Rodzaje działalności Załącznik I do rozporządzenia E-PRTR wyszczególnia 65 rodzajów działalności.