Sformułowania te, stanowcze i przełomowe, były ogromnym i ryzykownym krokiem na drodze do jedności. Deklaracja z Balamand stała się dokumentem kontrowersyjnym. Bez zastrzeżeń zaakceptowali ją dwaj główni aktorzy kończącego się sporu – papież i patriarcha Konstantynopola. Jednakże i w Cerkwi, i w Kościele odezwały się głosy krytyki, zadziwiająco zbieżne w doborze argumentów: kwestionujące przede wszystkim odrzucenie myśli, że ich Kościół jest jedynym prawdziwym. Sprzeciwy te pochodziły z kręgów konserwatywnych zainteresowanych Kościołów. Głosy krytyki podniosły się również ze strony katolickich Kościołów wschodnich – rumuńskiej i ukraińskiej Cerkwi greckokatolickiej, które poczuły się zagrożone uznaniem za Kościoły siostrzane nie ich, lecz wprost Cerkwi prawosławnej. Takie obawy wyraził między innymi kardynał Myrosław Lubacziwski, unicki arcybiskup Lwowa.
Po stronie prawosławnej przyjęcie Deklaracji było zróżnicowane. W styczniu 1995 prawosławny patriarchat Rumunii wprost wyraził pełne poparcie dla Deklaracji. Z kolei ultrakonserwatywna wspólnota mnisza Góry Athos, a w ślad za nią Grecka Cerkiew Prawosławna, odrzuciły Deklarację. Synod Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej w lipcu 1997 przyjął deklarację do wiadomości i podjął nad nią dyskusję, nie zajmując tymczasem wyraźnego stanowiska.