Od początku rozgrywek w niezależnej Ukrainie klub w 1992 debiutował w rozgrywkach Przejściowej Lihi, w której zajął 5. miejsce w 2 podgrupieЧемпионат Украины 1992 – Переходная лига. W następnym sezonie 1992/93 zajął 6. miejsce w Przejściowej Lidze i zdobył awans do Drugiej LihiЧемпионат Украины 1992/93 – Переходная лига. W sezonie 1993/94 klub zmienił nazwę na Medita Szachtarsk i zajął 8. miejsce w Drugiej LidzeЧемпионат Украины 1993/94 – Вторая лига, a w sezonie 1994/95 był siódmyЧемпионат Украины 1994/95 – Вторая лига. Sezon 1995/96 klub rozpoczął z nową nazwą Szachtar Szachtarsk w Drugiej Lidze, Grupie B, ale po zakończeniu rundy jesiennej przez problemy finansowe był zmuszony oddać swoje miejsce w lidze klubowi Metałurh Donieck, właściciele którego – Doniecki Metalurgiczny Zakład – bardzo chcieli mieć klub, który występowałby na profesjonalnym szczeblu. Od stycznia 1996 w klubie funkcjonowała piłkarska drużyna dzieci.