W 1985 roku objął kierownictwo kliniki ginekologii onkologicznej warszawskiego Centrum Onkologii, którą kierował do emerytury w 2001 roku. Organizował wymianę naukową z ośrodkami zagranicznymi. Był autorem ok. 100 prac w krajowych i zagranicznych czasopismach naukowych. W 1989 otrzymał tytuł profesora. Założył w 1991 roku Polskie Towarzystwo Ginekologii Onkologicznej, dzięki jego staraniom ginekologia onkologiczna w 2003 uzyskała status specjalizacji szczegółowej.
Po przejściu na emeryturę w 2001 działał na rzecz zapobiegania nowotworom, m.in. w skierowanym do kobiet programie profilaktyczno-edukacyjnym "Różowa Konwalia".
Zmarł 24 maja 2009 roku, został pochowany w grobie rodzinnym na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 26-5-16/17).
Jan Zieliński został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski (2002) i Złotym Krzyżem Zasługi (1984). Otrzymał także odznakę Zasłużony dla Miasta Stołecznego Warszawy (1979). Jego imię nosi Fundacja Różowa Konwalia.