Zdarzają się również powiązania pomiędzy jego powieściami. Często jego powieści łączą wspólni bohaterowie. Przykładowo postać Edmunda Wellsa znaleźć można zarówno w trylogii Mrówki (Les Fourmis), jak i w powieści Imperium Aniołów (L'Empire des Anges, 2000). Werber powraca również do niektórych tematów: jak np. L’Arbre des Possibles (pol. Drzewo Możliwości) Izydora Katzenberga lub swoich wcześniejszych pomysłów: jak w przypadku powieści Szkoła bogów, która rozwijała pomysły po raz pierwszy zaprezentowane w opowiadaniu L’École des jeunes dieux.
W swoich książkach Werber szeroko wykorzystuje symbolikę. Zwierzęta takie jak np. delfiny, szczury oraz mrówki są przedstawiane jako zwierzęta inteligentne. Werber powraca też często do symboliki cyfr, które w zależności od sposobu, w jaki są wyjaśniane odzwierciedlają „stan ewolucji duszy”.
Żaden z jego utworów nie stara się udowadniać lub wspierać konkretnej teorii naukowej, próbuje raczej prezentować różne mało znane odkrycia naukowe ogółowi społeczeństwa.
mały|240px|Bernard Werber w Instytucie Francuskim w Sofii, Bułgaria.