Po konflikcie z prezesem Związku Polaków w Niemczech już po dwóch tygodniach zakończył pracę w miejscowości i od 15 lipca rozpoczął pracę w Bytowie, jako kierownik Polskich Towarzystw Szkolnych na rejencję koszalińskąStanisław Galikowski, Jan Bauer – bojownik o polskość Ziemi Bytowskiej, Zapiski Koszalińskie, Koszalin 1967, nr 3.Tadeusz Oracki, Słownik biograficzny Warmii, Mazur i Powiśla XIX i XX wieku (do 1945 roku), Instytut Wydawniczy Pax, Warszawa 1983, s. 52, ..
Działalność propolska na Ziemi Bytowskiej Po przybyciu na Ziemię Bytowską Bauer zaangażował się w krzewienie polskości wśród miejscowej ludności – odwiedzał polskie rodziny, tłumaczył zadania polskiego szkolnictwa, przekonywał do posługiwania się na co dzień polską mową oraz organizował kolejne koła Związku Polaków. Jednocześnie wzbudzał coraz większe zainteresowanie władz niemieckich, co doprowadziło do jego aresztowania w 1929 roku, wraz z kilkoma innymi działaczami polskimi, pod fałszywym zarzutem szpiegostwa na rzecz Polski. W połowie tego samego roku, m.in. dzięki jego zaangażowaniu, powstały pierwsze cztery prywatne polskie szkoły na Kaszubach. Ich powstanie doprowadziło do zorganizowania polskich kół młodzieżowych, które miały istotny wpływ na rozwój polskiej kultury.