Zanim w październiku 1932 wyszedł na wolność, władze niemieckie zdążyły zdecydowanie ograniczyć działalność Związku Polskich Towarzystw Szkolnych oraz odebrać uprawnienia kilku polskim nauczycielom.
Działalność na terenie III Rzeszy Działania niemieckich władz sprawiły, że Bauer nie mógł powrócić do swoich zajęć na ziemiach bytowskich po odbyciu kary więzienia. Początkowo wyjechał do Kolna, gdzie uczył dzieci polskich emigrantów. Potem znalazł się w Dreźnie, gdzie organizował kursy dokształcające dla dzieci polskich robotników rolnych. W Saksonii kontynuował działania integrujące Polaków oraz zaszczepiające w nich patriotyzm. Tym samym ponownie stał się obiektem zainteresowania lokalnych władz oraz policji politycznej Gestapo. Działania Niemców zmusiły go do kolejnej zmiany miejsca pracy, więc Bauer kolejno trafiał w kolejne miejsca, gdzie kształcił Polaków. Ostatecznie osiadł w Berlinie, gdzie uczył języka polskiego na kursach dla dorosłych.
Zbliżająca się wojna nasiliła prześladowania polskich działaczy w Niemczech, czego skutkiem było aresztowanie Bauera w sierpniu 1939 przez Gestapo. Trafił do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen.