Dorobek naukowy Konstanty Michalski jest uważany za twórcę historiozoficznej teorii zwanej perfekcjonaryzmem, co było przedmiotem sporu między badaczami jego spuścizny: K. Kłósakiem, A. Usowiczem i W. Świeżawskim. Do jego historiozoficznej tezy zwanej perfekcjonaryzmem krytycznie odnosili się niektórzy filozofowie ze szkoły lubelskiej, być może, dlatego nie chciał podjąć pracy na KUL po wojnie. Jego dorobek charakteryzuje się: ideą organizmu, czyli ujmowania całościowego, ideą rozwoju, czyli stare zasady łączył z dorobkiem nowożytnym i współczesnym, ideą sublimacji, co wyrażało się w rozumieniu sztuki jako kształtowania charakteru moralnego, i którą wiązał z rozumem.
Wpłynął na zainteresowania logiką średniowiecza przez J. Łukasiewicza, J. Bocheńskiego i J. Salamuchę. Początkowo oddawał się studiom nad Machem i Duhemem, później badał źródła polskiej scholastyki w XIV wiecznej zachodnioeuropejskiej filozofii uprawianej na Oksfordzie i w Paryżu. Zajmował się także myślą filozoficzno-teologiczną Dantego.