Kościół św. Małgorzaty Panny i Męczenniczki – gotycki kościół parafialny w Dębnie w powiecie brzeskim, zbudowany na przełomie XV i XVI wieku.
Historia Parafia św. Małgorzaty w Dębnie powstała prawdopodobnie już w XIII wieku (jest wzmiankowana w spisach świętopietrza z 1326 roku)Archiwum Diecezjalne w Tarnowie [dostęp 30 grudnia 2009], zaś istniejący drewniany kościół parafialny pw. św. Małgorzaty został ujęty przez Jana Długosza w Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis z lat 1470–1480 [dostęp 30 grudnia 2009].
Budowę obecnego, murowanego kościoła rozpoczęto z fundacji Jakuba z Dębna, kanclerza wielkiego koronnego, w 1470 roku, równolegle z nieodległym zamkiem rycerskim. Budowę kościoła dokończył kolejny właściciel Dębna, Jakub Szczekocki (syn Jana ze Szczekocin). Świątynię, pod wezwaniem Świętej Trójcy, konsekrował w 1504 roku biskup sufragan krakowski Jan. Na początku XVII wieku zmieniono wezwanie kościoła, przywracając jako patronkę św. Małgorzatę.
Kościół został odnowiony i częściowo przebudowany w latach 1899–1903, uzyskując nowe ceglane szczyty, wieżyczkę na sygnaturkę i stropy w nawie.
28 marca 1980 roku kościół pw. św. Małgorzaty w Dębnie wraz z cmentarzem parafialnym został wpisany do rejestru zabytków nieruchomych województwa małopolskiego pod numerem A-215.