W prezbiterium umieszczony jest tryptyk ołtarzowy przedstawiający w części środkowej Trójcę Świętą w ikonograficznym typie Tronu Łaski w otoczeniu chórów anielskich i fundatorów: Jakuba Szczekockiego z żoną Barbarą i dziećmi, zaś na skrzydłach grupy śpiewających aniołów. Jest to kopia późnogotyckiego tryptyku z lat 1510–1520, którego środkowa część przechowywana jest obecnie w Kamienicy Szołayskich, oddziale Muzeum Narodowego w Krakowie. Na wschodniej ścianie prezbiterium znajduje się gotycka nisza na tabernakulum w prostokątnej kamiennej ramie zwieńczonej krzyżem. W trójdzielnym ostrołukowym oknie wprawiony jest witraż z postacią św. Małgorzaty, wykonany w 1903 roku w Wiedniu [dostęp 30 grudnia 2009].
Ponadto w kościele znajdują się dwa neogotyckie ołtarze boczne pochodzące z początku XX wieku, lewy z grupą Matki Bożej Różańcowej, prawy Najświętszego Serca Jezusowego. Z przełomu XIX i XX wieku pochodzą również neobarokowa ambona z płaskorzeźbami Chrystusa i Ewangelistów oraz drewniana chrzcielnica, ustawiona po lewej stronie wejścia do kruchty.
Przypisy