Wody Rzeki Ważne rzeki Pogórza to Soła, Skawa, Raba, Dunajec, Wisłoka, San, Wisła. Większość sieci rzecznych ma charakter pierzasty, nawiązujący do rzeźby i odporności podłoża. Wszystkie rzeki tego obszaru posiadają reżim deszczowo-śnieżny. Najwyższe stany wody notowane są wiosną, w czasie wezbrań i wczesnym latem podczas powodzi. Niżówki pojawiają się głównie późnym latem. W półroczu zimowym pojawia się przeważający odpływ. Rzeki Pogórza należą do najczystszych w Polsce, często pojawiają się takie ryby jak szczupak, pstrąg, brzana i sandacz.
Wody podziemne Duża przepuszczalność fliszu powoduje niską retencję. Poziomy wodonośne występują w trzeciorzędowych fliszach oraz w żwirowo-piaszczystych utworach aluwialnych i pokrywach stokowych. W częstych zbiornikach wód szczelinowych i szczelinowo-porowych zwierciadło wody zalega na poziomie od kilku do 20 metrów, studnie czerpiące te wody osiągają wydajność do 2000 l/godz. Temperatury wód wynoszą od 8 do 9,5 °C. Wody te charakteryzują się niskim stopniem zmineralizowania, różnym poziomem twardości i odczynem (od lekko kwaśnego do obojętnego). Na Pogórzu często pojawiają się źródła, ok. 3/km². Mają one jednak niewielką wydajność (0,3 l/s), przy czym część z nich jest okresowa.