7 października 1606 roku podpisał ugodę pod JanowcemAlexander Rembowski, Rokosz Zebrzydowskiego : materyały historyczne poprzedzone przedmową i rozprawą pod tytułem Konfederacya i rokosz w dawnem prawie państwowem polskiem, Warszawa 1893, s. 213.. Był posłem województwa lubelskiego na sejmy lat 1603, 1606, 1609 i sejm zwyczajny 1613 rokuMagdalena Ujma, Sejmik lubelski 1572–1696, Warszawa 2003, s. 247–248.. Poseł na sejm nadzwyczajny 1613 roku z województwa ruskiegoJanusz Byliński, Dwa sejmy z roku 1613, Wrocław 1984, s. 254.. Poparł króla w czasie rokoszu sandomierskiego, będąc inicjatorem zjazdu regalistycznego w Lublinie w czerwcu 1607, a także walcząc na czele prywatnego pocztu w bitwie z rokoszanami pod Guzowem. W latach 1609–1611 brał udział w wyprawie na Smoleńsk, zakończonej jego zdobyciem.
Podobnie jak brat przeszedł z kalwinizmu na katolicyzm.Henryk Gmiterek. Sobieski Sebastian h. Janina (ok. 1552–1615)… S. 509
Żoną Sebastiana Sobieskiego była Anna z Więchocka Zebrzydowska. Z małżeństwa z nią pochodziło troje dzieci: Tomasz – zmarły młodo i bezpotomnie, Stefan (zm. 1660) – jezuita, Zofia Konstancja – żona starosty mirachowskiego Zygmunta Szczepańskiego.