Po amerykańskiej inwazji na Afganistan, zaangażował się w tworzenie afgańskiej przejściowej władzy u boku Hamida Karzaja.
Minister odbudowy W 2002 Atmar został zaproszony do Tymczasowego Rządu jako minister odbudowy i rozwoju wsi, co zostało potwierdzone w gabinecie nowo wybranego prezydenta Karzaja w grudniu 2004. Jako jeden z najmłodszych członków gabinetu i technokrata zaangażował się swoje siły w przemiany dysfunkcyjnych części gospodarki. W czasie swojej czteroletniej kadencji wydał około 500 mln $.
Minister edukacji W maju 2006 Atmar został zaprzysiężony na stanowisko ministra edukacji po zatwierdzeniu przez przytłaczającą większość w Zgromadzeniu Narodowym. Jako jeden z nielicznych, służył w kolejnych gabinetach prezydenta Karzaja. Posiadał cenne doświadczenie przygotowanie instytucjonalne do podjęcia wyzwania, niezbędne do powszechnego udostępnienia edukacji.