W 2006 r. została przeanalizowana cząsteczkowa podstawa locus EYCL3Paul Rincon, Genetics of eye color unlocked, BBC News, 20 grudnia 2006.. Badając grupę 3839 ludzi, naukowcy stwierdzili, że 74% wszystkich wariacji koloru oczu można wyjaśnić przez polimorfizmy pojedynczych nukleotydów (SNP) blisko genu OCA2. OCA2 był wcześniej znany z tego, że jeśli jest zmutowany, gen ten może powodować rodzaj albinizmu. Najnowsze badania wykazały, że SNP mają silny związek z niebieskimi i zielonymi oczami, jak i z liczbą piegów, pieprzyków, odcieniem włosów i skóry. Autorzy podejrzewają, że SNP w OCA2 mogą być sekwencją regulatorową i w ten sposób wpływają na ekspresję genu, co zmienia pigmentacjęDuffy DL, Montgomery GW, Chen W, Zhao ZZ, Le L, James MR, Hayward NK, Martin NG, and Sturm, RA „A Three–Single-Nucleotide Polymorphism Haplotype in Intron 1 of OCA2 Explains Most Human Eye-color Variation” Am. J. Hum. Genet. 2002 80:000, 2007..
Klasyfikacja kolorów thumb|Postrzeganie koloru zależy od wielu czynników. To są te same oczy;