Na początku XIX wieku wielu mieszkańców przyłączyło się do greckiej organizacji patriotycznej Filiki Eteria, a po wybuchu greckiej wojny o niepodległość (1821) część młodzieży z miasta brała udział w walce pod dowództwem Aleksandrosa Ipsilantisa.
Nesebyr (Misivri) był centrum kazy w İslimye (Sliwen) sandżaku w prowincji Edirne przed 1878 rokiem.http://acikarsiv.ankara.edu.tr/fulltext/3066.pdf
Trzecie państwo bułgarskie Po wyzwoleniu Bułgarii spod panowania osmańskiego w 1879 roku, Nesebyr stał się częścią autonomicznej osmańskiej prowincji Rumelia Wschodnia w departamencie Burgaz aż do zjednoczenia z Księstwem Bułgarii w 1885 roku. Pod koniec XIX wieku Nesebyr był małym miastem greckich rybaków i winiarzy. Około 1900 roku liczył ok. 1900 mieszkańców, z czego 89% stanowili Grecy, jednak pozostawał stosunkowo wyludniony.Fermor, Patrick Leigh, "The Broken Road," (2016: John Murray)(), s. 259. "Dziwny, raczej smutny, raczej czarujący urok unosił się w brukowanych uliczkach tego lśniącego, wieczornego miasteczka Mesembrii.