ustanawiającą, na podstawie dyrektywy 2000/60/WE Parlamentu Europejskiego i Rady, wartości liczbowe do celów klasyfikacji w systemach monitorowania państw członkowskich będące wynikiem ćwiczenia interkalibracyjnego, i uchylającą decyzję 2008/915/WE.
Twórcy wskaźnika ESMI uznali, że jego podstawowa wersja nie nadaje się do oceny jezior lobeliowych oraz jezior przymorskich charakteryzujących się specyficzną roślinnością. Zauważyli również, że może zaniżać ocenę jezior rynnowych o stromych stokach, gdzie fitolitoral jest węższy niż byłby w jeziorach o tym samym stanie ekologicznym, ale o łagodnych stokach. Ocena stanu ekologicznego jezior z użyciem Makrofitowego Indeksu Stanu Ekologicznego pozwala na oszacowanie wpływu presji takich jak eutrofizacja, generalna degradacja, zanieczyszczenie substancjami organicznymi i przekształcenia strefy brzegowej. Wskaźnik ESMI koreluje ze stanem troficznym jeziora. Najsilniej koreluje z jedną z jego miar, czyli widzialnością krążka Secchiego (im lepsza widzialność, tym wyższy wskaźnik), nieco słabiej z zawartością związków azotu i fosforu (im większa zawartość, tym niższy wskaźnik).