Świątynia ucierpiała poważnie w czasie II wojny światowej. Została zdewastowana (wywieziono m.in. dzwony) i zamieniona na ośrodek Hitlerjugend. W 1949 r. kościół i parafia w Licheniu Starym zostały przekazane Zgromadzeniu Księży Marianów. Pod ich zarządem dokonano gruntownych prac remontowych. Rozpoczęto również starania o uczynienie z kościoła parafialnego sanktuarium o randze ogólnopolskiej. Wielkie zasługi w tych dziełach ma wieloletni proboszcz parafii i kustosz sanktuarium - ks. Eugeniusz Makulski MIC.
15 sierpnia 1967 roku przed kościołem miała miejsce uroczystość koronacji obrazu Matki Boskiej Licheńskiej, której przewodniczył Prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński.
W latach 1977–1980 kościół został przebudowany. Wymieniono prawie całe wyposażenie wnętrza oraz strop i dach świątyni. Wzniesiono strzelistą wieżę dzwonnicy oraz mniejsze wieżyczki i sygnaturki. W latach 1980–1984 firma Zygmunta Kamińskiego z Warszawy wybudowała nowe organy (38 głosów realnych, 3 manuały i pedał, mechaniczna traktura gry, elektryczna traktura rejestrów). W latach 80. XX wieku dokonano pozłoceń ołtarza głównego.