Jednak wewnątrz władz nowego tworu szybko doszło do konfliktów i 30 listopada 1998 postanowiono o ponownym rozłączeniu klubów. W 2005 roku wskutek problemów finansowych i kadrowych klubu planowano kolejną fuzję – tym razem z GKS Katowice, do której jednak nie doszło. 16 marca 2007, z powodów finansowych i braku zaangażowania ze strony piłkarzy, zarząd klubu wycofał drużynę seniorów z rozgrywek klasy okręgowej i skupił się wyłącznie na szkoleniu młodzieży. 4 lipca 2007 nastąpiło przejęcie obiektów sportowych przez Ośrodek Sportu i Rekreacji w Bytomiu. TS Szombierki dalej miało korzystać z części obiektów w formie wypożyczenia. Nastąpiła reaktywacja drużyny seniorów – skład został zgłoszony do Klasy B.
Szombierki w poszczególnych sezonach (od 1947) mały|800px|left|Historia występów Szombierek Bytom w rozgrywkach ligowych