Atol odkryła ekspedycja Álvaro de Mendaña de Neyra w 1568 i zaanektowała go w imieniu Hiszpanii, jednak poza aktem aneksji nie podjęto żadnych innych działań. Nazwa pochodzi od brytyjskiego kapitana Williama Wake, który dotarł do wyspy w 1796. 4 lutego 1898 wyspy zajęły Stany Zjednoczone, a 17 stycznia 1899 formalnie ustanowiono z atolu terytorium zależne Stanów Zjednoczonych. W 1935 linie lotnicze Pan American zbudowały na wyspie małą osadę i lotnisko do obsługi połączeń lotniczych USA z Chinami. Wyspa przeszła pod administrację marynarki wojennej już w grudniu 1934, lecz pierwsze instalacje wojskowe zaczęto wznosić kilka lat później – w styczniu 1941 otwarto na wyspie dużą amerykańską bazę wojskową. W jej skład wchodziło 517 osób personelu wojskowego i 1221 pracowników cywilnych.
W dniu ataku na Pearl Harbor – 7 grudnia 1941, Japonia dokonała ataku lotniczego na atol. Bitwa o Wake zakończyła się 23 grudnia zajęciem atolu przez wojska japońskie. W czasie wojny atol był tylko sporadycznie bombardowany przez wojska amerykańskie i pozostawał w rękach japońskich do końca wojny – garnizon japoński skapitulował 4 września 1945.