Puchar Drugiej Ligi Ukrainy 1999/2000 - I rozgrywki ukraińskiej PFL spośród drużyn Drugiej Lihi, mające na celu wyłonienie zdobywcy Pucharu Drugiej Ligi oraz półfinalistów, którzy kwalifikują się tym samym do Pucharu Ukrainy sezonu 1999/00. Sezon trwał od 18 sierpnia 1999 do 6 maja 2000.
W sezonie 1999/2000 rozgrywki te składały się z: meczów rundy wstępnej (1/32 finału), dwumeczów 1/16 finału, dwumeczów 1/8 finału, dwumeczów 1/4 finału, dwumeczów 1/2 finału, meczu finałowego.
Drużyny Do rozgrywek Pucharu przystąpiło 44 kluby Drugiej Lihi. Kluby Drugiej Lihi: Adoms Krzemieńczuk Arsenał Charków Awanhard Roweńky Cementnyk-Chorda Mikołajów Czornomoreć Sewastopol Borysfen Boryspol Bukowyna Czerniowce Desna Czernihów Dnipro-2 Dniepropetrowsk Dynamo Lwów Dynamo-3 Kijów Ełektron Romny Enerhetyk Bursztyn FK Kałusz FK Myrhorod Hałyczyna Drohobycz Hazowyk Komarno Hirnyk-Sport Komsomolsk Karpaty-2 Lwów Kremiń Krzemieńczuk Krystał Chersoń Krywbas-2 Krzywy Róg Maszynobudiwnyk Drużkiwka Metalist-2 Charków Metałurh-2 Zaporoże Naftowyk Dolina Nywa Winnica Obołoń-PPO-2 Kijów Olimpija FK AES Jużnoukraińsk Oskił Kupiańsk Papirnyk Malin Podilla Chmielnicki Portowyk Iljiczewsk Prykarpattia-2 Iwano-Frankowsk Rihonda Biała Cerkiew Systema-Boreks Borodzianka Szachtar Gorłówka Torpedo Melitopol Tytan