Reszta miast ucierpiała w mniejszym stopniu. Praktycznie bez szwanku przetrwały: Chełmno i Toruń.
Okres II wojny światowej i okupacji niemieckiej przyniósł także liczne prześladowania i egzekucje na Polakach z ziemi chełmińskiej dokonywane przez Niemców, na samym początku zwłaszcza inteligencji, a potem i zwykłych cywilów (np. zbrodnia w toruńskiej Barbarce). Ponadto dla ludności polskiej tworzono obozy przesiedleńcze, których potem przesiedlano do Generalnego Gubernatorstwa, wysyłano na przymusowe obozy do Rzeszy, a także zdarzały się przypadki wcielania do wojsk niemieckiego okupanta, Wehrmachtu. Niektórzy trafili do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau, zwłaszcza ujawnieni najwięksi antyniemieccy działacze z regionu. Na miejsce wysiedlanych Polaków osadzano kolonistów niemieckich. Cały okres okupacji niemieckiej na ziemi chełmińskiej w podziemiu działała partyzantka i Armia Krajowa, którą wspomagali miejscowi Polacy. W styczniu 1945 roku ziemia chełmińska została zdobyta przez oddziały sowieckiej Armii Czerwonej, przy współudziale Ludowego Wojska Polskiego, kończąc okupację niemiecką. Polacy, którzy doznali wysiedlenia w okresie II wojny światowej, powracali do swoich domów w 1945 roku.