Po śmierci Henryka III w zamachu w 1589 przez kilka lat pozostawał bez pracy, żyjąc na przemian w Prowansji i Normandii. Ostatecznie osiedlił się w Aix-en-Provence i skupił się na działalności literackiej. W 1600 o poecie usłyszał Henryk IV Burbon, który sprowadził go do Paryża jako jednego z nadwornych poetów. Malherbe miał za zadanie pisać dla władcy, za stałą pensją, utwory o tematyce miłosnej. Działał również po śmierci Henryka IV. Poparł zamiary kardynała Richelieu dążące do unifikacji obowiązujących wzorów literackich i stworzenia uniwersalnych zasad poezji, dramatu i prozy.

W 1627 jego syn Marek Aureliusz został zabity w pojedynku ze znacznie bogatszym szlachcicem. Malherbe podjął wówczas szereg wysiłków na rzecz ukarania jego zabójcy, jednak poniósł porażkę sądową. W 1628 udał się pod La Rochelle, by osobiście prosić o wsparcie króla Ludwika XIII. W czasie pobytu w tym miejscu zapadł na malarię i zmarł 16 października 1628.