W swojej karierze Märtin wygrał łącznie pięć rajdów w mistrzostwach świata. 18 razy w swojej karierze stawał na podium w rajdach mistrzostw świata. Zdobył w nich 207 punktów. Wygrał 101 odcinków specjalnych.
Kariera Początki Märtin urodził się w mieście Tartu. Ojciec Märtina, Kalju, był rajdowcem i startował w lokalnych estońskich rajdach. To wtedy też młody Markko zainteresował się rajdami bywając w warsztatach samochodowych i na rajdach, w których uczestniczył ojciec. W wieku 18 lat Märtin kupił od swojego wujka swój pierwszy samochód, Ładę Samarę, który przerobił na samochód rajdowy. Na początku 1994 roku zadebiutował w nim w jednym z lokalnych rajdów. W sezonie 1994 zajął drugie miejsce w mistrzostwach Estonii, w kategorii Formuły 2. Z kolei w 1995 roku został mistrzem Estonii w klasie samochodów z napędem na dwa koła. W tym samym roku Märtin po raz pierwszy pojechał w zagranicznym rajdzie. Zajął dwunastą pozycję w fińskim rajdzie Mantta Rally. W 1996 roku Märtin sprzedał Ładę i zakupił w Wielkiej Brytanii N-grupowego Forda Escorta RS Cosworth. Fordem wystartował w mistrzostwach Estonii i zajął w nich drugie miejsce w sezonie 1996. Jeszcze w tym samym roku wystartował Toyotą Celiką Turbo 4WD w jednym z łotewskich rajdów i wygrał go.