Podczas wojny, a w szczególności po 1942 r., Dachau stanął na czele bardzo rozbudowanej struktury podobozów, liczącej ponad 200 placówek na południu Niemiec i w anektowanej Austrii. Były one w większości powiązane z przemysłem wojennym.
Gdy zbliżał się front wojsk alianckich, naziści próbowali ewakuować więźniów w różnych kierunkach. Marsze ewakuacyjne (marsze śmierci) niosły ze sobą wysoką śmiertelność wymęczonych więźniów. 29 kwietnia 1945 r. obóz został wyzwolony, a wraz z nim ok. 67 tys. więźniów – połowa z nich w obozie głównym. Amerykanie, pod wpływem tego, co zastali w obozie (m.in. stojący na bocznicy pociąg z 2600 ciałami, oraz znalezionych w okolicach krematorium ok. 3 tys. zabitych), rozstrzelali bez sądu większość wziętych do niewoli strażników SS i przebywających w obozie żołnierzy Waffen-SS (w sumie 560 osób).
Podobnie jak w Auschwitz, na bramie obozu w Dachau widniał napis „Arbeit macht frei”.
Więźniowie i ofiary
thumb|Zawiadomienie o śmierci więźnia Dachau i wyciąg z księgi obozowej Więźniami byli z początku członkowie antynazistowskiej niemieckiej opozycji, głównie komuniści, duchowni Kościoła Katolickiego, socjaliści i chadecy.