Nadciągająca wojna zintensyfikowała działalność Szkoły. Plany rozbudowy SPL zakładały, że w latach 1939–1942 będzie się w niej jednocześnie kształcić 600 uczniów (po 200 na każdym roczniku). Podchorążowie, którzy rozpoczęli naukę w 1938 r., realizowali skrócony program, co wiązało się z realizacja trzyletniego programu szkolenia w dwa lata. 15 czerwca 1939 r. odbyła się XII promocja podchorążych trzeciego rocznika, zostali skierowani do jednostek liniowych. Kursanci z drugiego rocznika pozostali w szkole do momentu wybuchu II wojny światowej, oficjalnie uznaje się ich za XIII promocję. W SPL szkoliło się dodatkowo ok. 200 podchorążych przyjętych do Szkoły w 1939 r. (XIV promocja). Podchorążowie XIII i XIV promocji zostali ewakuowani w trakcie kampanii wrześniowej do Rumunii, a następnie do Francji.
Szkołę Podchorążych Lotnictwa ukończyło 973 absolwentów (łącznie z przeszkolonymi w 1933 r. oficerami innych broni), z których 707 było obserwatorami a 266 pilotami. Szacuje się, że dodatkowo około 50% obserwatorów podczas późniejszej służby ukończyło szkolenie w zakresie pilotażu samolotów.