Clough opuścił Forest, aby kontynuować grę w piłkę nożną Premier League, i przed sezonem 1993/94 został kupiony za 2,25 mln funtów przez Liverpool. Clough strzelił dwa gole w swoim debiucie dla Liverpoolu przeciwko Sheffield Wednesday 14 sierpnia 1993. Do końca sierpnia 1993 roku czterokrotnie trafiał do siatki dla The Reds, ale przed Bożym Narodzeniem walczył o miejsce w pierwszej drużynie po pojawieniu się 18-letniego Robbiego Fowlera u boku Iana Rusha w ataku Liverpoolu. Liverpool przeżywał również kolejny rozczarowujący sezon w lidze, co doprowadziło do rezygnacji Graeme’a Sounessa ze stanowiska menedżera pod koniec stycznia 1994 roku i powołania trenera Roya Evansa na jego następcę.
Cloughowi udało się trafić do siatki jeszcze trzy razy w tym sezonie, a jego ostatnie dwa gole padły 4 stycznia 1994, kiedy strzelił dwa gole przeciwko Manchesterowi United na Anfield. Clough stracił miejsce w składzie i ostatecznie opuścił Anfield w styczniu 1996.
Podpisał kontrakt z walczącym o utrzymanie w Premier League Manchesterem City, który kupił go za 1,5 miliona funtów.