Ukształtowanie poziome Archipelag Filipiński składa się z 7107 wysp i wysepek, w tym ponad 4500 skał i raf położonych między 18° a 6°N. W północnej grupie wysp największymi są Luzon, Mindoro, środkową część stanowią wyspy Visayas (w ich skład wchodzą Bohol, Cebu, Leyte, Masbate, Negros, Panay i Samar). Południową część Filipin stanowią Mindanao i Archipelag Sulu. Największymi wyspami Filipin są Mindanao (95 tysięcy km²) na południu i Luzon (105 tysięcy km²) na północy. Obie te wyspy zajmują dwie trzecie powierzchni całego państwa.
Brzegi wysp, posiadające liczne zatoki, są w wielu miejscach skaliste, porośnięte namorzynami lub otoczone rafami koralowymi i podwodnymi skałami. Mimo iż wiele fragmentów wybrzeża jest skalistych, a podwodne skały i rafy stanowią niebezpieczeństwo dla żeglugi, to wybrzeża Zatoki Manilskiej na wyspie Luzon uchodzą za jeden z najdogodniejszych terenów w Azji do lokalizacji portów morskich. Linia brzegowa kraju jest dobrze rozwinięta, a najsłabiej rozwiniętą część wybrzeża mają wschodnie brzegi (wybrzeże Pacyfiku). Wody wewnętrzne Filipin mają zróżnicowaną głębokość do 1975 m.