Podpisał kontrakt z wytwórnią Atlantic Records i w 1994 wydany został album Fun, którego producentem był Paul Leary z Butthole Surfers, którego Daniel poznał w 1985. Album okazał się finansową klapą i niedługo potem wytwórnia zerwała kontrakt z Johnstonem.
Pod koniec życia Daniel twierdził, że czuje się dużo lepiej dzięki nowym lekom. Mieszkał z rodzicami i znalazł w pobliżu muzyków, którzy tworzyli razem z nim. Miał w planach liczne koncerty na całym świecie. W 2002 został zaproszony przez Davida Bowie, by wykonywać piosenki na Meltdown Festival w Queen Elizabeth Hall w Londynie. Występował też na licznych europejskich festiwalach jak Roskilde czy Benicassim, promując nowe albumy.
Zmarł nagle, na zawał serca w wieku 58 lat.
Dyskografia Songs of Pain (Stress Records, 1980) kaseta The What of Whom (Stress Records, 1982) kaseta Don't Be Scared (Stress Records, 1982) kaseta More Songs of Pain (Stress Records, 1983) kaseta Yip Jump Music (Stress Records, 1983) kaseta Hi, How Are You (Stress Records, 1983) kaseta The Lost Recordings (Stress Records, 1983) kaseta The Lost Recordings II (Stress Records, 1983) kaseta Retired Boxer (Stress Records, 1984) kaseta Respect (Stress Records, 1985) kaseta, 10" with Texas Instruments: Continued Story (Stress Records, 1985) kaseta Merry Christmas (Stress Records, 1988) kaseta