Razem z nim w tym czasie studiował we Freisingu Joseph Ratzinger, późniejszy papież. Święcenia kapłańskie otrzymał 29 czerwca 1947 w Monachium. Pracował jako duszpasterz w Grafing (1947-1948) i Traunwalchen (1948). W 1948 został powołany na stanowisko wicerektora (subregens) w seminarium duchownym w Königstein (Albertus-Magnus-Kolleg). W tym czasie rozpoczyna pisać pod kierunkiem prof. Seppelta doktorat z historii Kościoła o teologicznych pismach niemieckiego poety Friedricha Leopolda zu Stolberga (Friedrich Leopold zu Stolbergs, Geschichte der Religion Jesu Christi), który kończy w roku 1950. Po doktoracie z historii Kościoła zainteresowania Scheffczyka kierują się w stronę teologii dogmatycznej. W 1957 pod kierunkiem prof. Michaela Schmausa habilitował się w dziedzinie teologii na podstawie rozprawy Das Mariengeheimnis in Frömmigkeit und Lehre der Karolingerzeit. Był profesorem w Königstein oraz na uniwersytetach w Tybindze i Monachium. Otrzymał tytuł prałata honorowego Jego Świątobliwości (wrzesień 1978). Natomiast w dowód uznania jego dorobku naukowego ze strony państwa w 1980 został powołany w skład Bawarskiej Akademii Nauk oraz akademii papieskich – Papieskiej Międzynarodowej Akademii Maryjnej i Papieskiej Akademii Teologicznej w Rzymie.