W 1918 wstąpił do Wojska Polskiego. Walczył w powstaniu wielkopolskim wraz z dwójką braci, Kazimierzem i Jarosławem. Awansowany na stopień porucznika. W 1919 powołany na szefa pociągu sanitarnego, a później przeniesiony do 16 pułku ułanów wielkopolskich, następnie służył jako lekarz pułkowy na Froncie Litewsko-Białoruskim i w 14 pułku artylerii ciężkiej jako lekarz batalionu. „Odznaczył się walecznością, znajdując się zawsze w pierwszej linii bojowej pułku. Pełniąc służbę w 16 puł., podczas odwrotu 5 Brygady Jazdy z Ukrainy w walkach pod Rohoźną, mjr Bajoński został, by zabrać rannych. Pod Szczurowicami, kiedy dowiedział się, że zostawiono ciężko rannego oficera w wiosce częściowo zajętej przez wroga, z kilkoma sanitariuszami pod ogniem wyniósł rannego”. Za te czyny został odznaczony krzyżem „Virtuti Militari” V klasy nr 3348.
Po skończeniu wojny, w 1921 bezterminowo urlopowany, a w 1922 przeniesiony do rezerwy. W 1934, jako major rezerwy pozostawał w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Poznań Miasto i posiadał przydział do Kadry Zapasowej 7 Szpitala Okręgowego w Poznaniu.