pozostając na tym stanowisku Albrecht przy dużym własnym wysiłku finansowym (co umożliwiła m.in. reforma finansowa księstwa saskiego) tłumił powstanie miejscowej ludności i umacniał władzę Habsburgów. W 1493 r. stracił tę funkcję w związku z przybyciem do Niderlandów syna Maksymiliana, Filipa, pozostał jednak tam nadal. W tym okresie zaczął narastać konflikt między Albrechtem a Maksymilianem i jego synem, w głównej mierze dotyczących niespłaconych wydatków Albrechta na kampanie wojenne. W 1498 r. doszło do porozumienia stron, Albrecht otrzymał od Maksymiliana tytuł gubernatora Fryzji. Wkrótce potem wyjechał do swojego księstwa, skąd jednak został odwołany na wieść o kolejnym powstaniu we Fryzji. Podczas oblężenia ostatniego bastionu rebeliantów w Groningen zachorował, zmarł wkrótce potem. Przed śmiercią, w 1499 r. dokonał podziału swego dziedzictwa między synów: Jerzy miał objąć rządy w Saksonii (był tu regentem już od 1488 r.) a młodszy Henryk we Fryzji.