W 1582 roku powstała w Gnieźnie drewniana synagoga. W 1583 roku w Gnieźnie erygowano Prymasowskie Wyższe Seminarium Duchowne.
Okres rozbiorów thumb|Budynek sądu, w którym w 1902 r. toczył się proces przeciwko rodzicom uczestników strajku szkolnego we Wrześni|150px|left W 1768 roku Gniezno stało się stolicą województwa. Po II rozbiorze Rzeczypospolitej znalazło się pod zaborem pruskim. W 1794 roku objęte było powstaniem kościuszkowskim – wyzwolone spod pruskiej okupacji 25 września„Kronika powstań polskich 1794-1944”, red. Marian Michalik, Warszawa 1994, s. 44.. W tym czasie w Gnieźnie przebywał generał Dąbrowski. Między 1807 a 1815 rokiem leżało w granicach Księstwa Warszawskiego, w latach 1815–1848 w wyniku postanowień kongresu wiedeńskiego – Wielkiego Księstwa Poznańskiego wchodzącego w skład Prus.
Po pożarze w 1819 roku zdecydowano o nowym układzie przestrzennym miasta. Wytyczono rynek i nową ulicę Bolesława Chrobrego, na której wyeksponowana była katedra gnieźnieńska. W ciągu XIX w. wybudowano m.in.: Ratusz, stację kolejową, szpital, rzeźnię, gazownię, koszary, urząd miejski. Powstał szereg zakładów przemysłowych: garbarnia, cukrownia, gorzelnia.