Konsekwentnie zwalczając luteranizm, nie podejmował jednak drastycznych środków: książki luterańskie konfiskował za odszkodowanie, duchownych–odstępców przekazywał arcybiskupowi Magdeburga, a pozostałym luteranom nakazywał tylko opuszczenie jego kraju (mogli też sprzedać swój majątek). Jerzy dostrzegał też istniejące nieprawidłowości w Kościele. W 1519 r. zorganizował w Lipsku dysputę religijną ze swoim osobistym udziałem, a w 1521 r. na sejmie w Wormacji sformułował część uwag związanych z nadużyciami kościelnymi dotyczącymi handlu odpustami oraz z annatami. Przeprowadził reformę w zakresie organizacji klasztorów (dotyczącą głównie spraw gospodarczych).
W 1524 r. wybuchły liczne bunty chłopskie, które rychło zmieniły się w wojnę zwaną chłopską. Jedno z centrów działań powstańców obejmowało m.in. tereny Saksonii. W 1525 r. Jerzy wraz z innymi książętami Rzeszy ostatecznie pokonali wojska chłopskie w bitwie pod Frankenhausen. W toczących się sporach katolicko-protestanckich Jerzy był zwolennikiem utrzymania pokoju religijnego w Rzeszy i z tego powodu wspierał mocno wszelkie inicjatywy zmierzające w tym kierunku.