Jest także punktem spinającym dwa główne korytarze wodne o znaczeniu międzynarodowym: E40: prowadząca z Gdańska w górę Wisły do Warszawy, a dalej Bugiem do Brześcia, gdzie łączy się z drogą wodną prowadzącą przez Polesie do Dniepru. W obrębie terytorium Bydgoszczy znajduje się 14 km drogi wodnej E40, co pokrywa się z miejskim odcinkiem Wisły; E70: z Antwerpii do Kłajpedy – poprzez Holandię, Niemcy, Polskę, Rosję do Litwy (w granicach administracyjnych Polski: prowadząca od śluzy Hohensaaten w górę Odry, a dalej Wartą, Notecią, Kanałem Bydgoskim i Brdą do Wisły, następnie 114 km Wisłą w dół (odcinek wspólny z E40), Nogatem, Zalewem Wiślanym do Królewca). W obrębie terytorium Bydgoszczy znajduje się 28 km drogi wodnej E70, na co składają się miejskie odcinki Kanału Bydgoskiego, Brdy skanalizowanej i Wisły (poniżej ujścia Brdy).
W BWW przecinają się ponadto krajowe szlaki turystyczne – żeglugowe i kajakowe: Szlak Brdy – 233 km; jeden z najpiękniejszych w Polsce szlaków kajakowych, prowadzący przez otulinę Parku Narodowego Bory Tucholskie, liczne jeziora i Zalew Koronowski, Droga wodna Wisła-Odra – 294 km; z Bydgoszczy do Kostrzyna nad Odrą, prowadzący m.in.