W 1490 biskup Maciej ze Starej Łomży przeniósł za zgodą Kazimierza Jagiellończyka stolicę biskupią do Krasnegostawu. Katedrą został kościół pw. Wszystkich Świętych. W tym czasie diecezja liczyła 42 parafie.
XVI wiek Po ostatecznym ukształtowaniu się senatu w czasach panowania Zygmunta Starego biskup chełmski zajmował w nim ostatnie, dziesiąte miejsce wśród senatorów duchownych. Po unii lubelskiej spadł na trzynaste, ale nie był już ostatni. Zygmunt August dokonał nowych donacji na rzecz biskupstwa i kapituły. Pod koniec jego panowania dochody biskupstwa liczono na 2000 florenów, a kapituła otrzymała drugą wieś i przekazane przez biskupa prebendy w postaci probostw w Drohobyczu, Hrubieszowie i Grabowcu. Od połowy XVI w. diecezja, działająca na terenie zamieszkanym w przeważającej części przez wyznawców prawosławia, miała również kłopoty z odnoszącą sukcesy reformacją. Biskupi, m.in. późniejszy prymas Jakub Uchański, nie potrafili powstrzymać swoich wiernych przed zmianą wyznania. Pod koniec XVI w. na obszarze diecezji były 23 gminy ewangelickie i 3 gminy braci polskich. Dopiero biskup Stanisław Gomoliński, który raportował w 1597 do Watykanu, że 24 kościoły parafialne zamieniono na zbory, przystąpił do kontrakcji. Pomagały mu w tym postępy umacniającej się kontrreformacji.