„Royal Sovereign” był w niej okrętem flagowym eskadry „czerwonej”, mającym na pokładzie głównodowodzącego flotą angielską księcia Ruperta, który pomimo przewagi w okrętach nie był w stanie sprostać flocie holenderskiej pod dowództwem admirała Michiela de Ruytera.
w 1685 „Royal Sovereign”, będący po trzech wojnach w złym stanie technicznym, został przebudowany w stoczni w Chatham pod kierunkiem szkutnika Roberta Lee.
„Royal Sovereign” wziął następnie udział w wojnie przeciwko Francji, gdzie nastąpiło odwrócenie sojuszy i Anglicy walczyli u boku Holendrów z Francuzami. W 1690 roku miała miejsce zwycięska dla Francuzów bitwa morska pod Beachy Head, w której brał również udział jako okręt flagowy Pierwszego Lorda Admiralicji hrabiego TorringtonDowódca angielskiej floty Arthur Herbert, hrabia Torrington, został za to niepowodzenie postawiony przed sądem wojennym. Oczyszczony z wszystkich zarzutów, zrezygnował z wszystkich pełnionych funkcji i wycofał się z życia publicznego.. W dwa lata później w decydującej bitwie morskiej pod La Houge połączone siły anglo-holenderskie zadały flocie francuskiej poważne straty.