W 1790 roku Harmar ruszył na czele ekspecycji militarnej przeciw zamieszkującym ziemie na północ od rzeki Ohio plemionom indiańskim i Brytyjczykom, którzy mimo postanowień traktatu paryskiego nie opuścili tych terenów. Po kilku mało znaczących sukcesach jego siły, składające się z żołnierzy Pierwszego Pułku i milicji z Kentucky, zostały pokonane przez wojowników konfederacji, dowodzonych przez Małego Żółwia, w bitwie nazywanej „Klęską Harmara”, „bitwą nad Maumee”, „bitwą pod Kekionga”, albo „bitwą o wioski Miami”. Nieco później Harmar wrócił ze znaczniejszymi siłami i ponownie starał się pokonać Indian, ale bez powodzenia. W rezultacie został pozbawiony dowództwa i zastąpiony przez generała Arthura St. Claira. Na własne życzenie Harmar stanął przed sądem wojskowym, gdzie starał się odpierać oskarżenia o zaniedbania i w końcu został oczyszczony z zarzutów.
Po odejściu z wojska Harmar w latach 1793-1799 dowodził milicją stanową Pensylwanii. Zmarł w roku 1813 w swej posiadłości "The Retreat" w pobliżu Filadelfii. Został pochowany na przykościelnym cmentarzu św. Jakuba w filadelfijskiej dzielnicy Kingsessing.
Linki zewnętrzne Ohio History Central: biografia Harmara
Kategoria:Amerykańscy oficerowie Kategoria:Urodzeni w 1753 Kategoria:Ludzie urodzeni w Filadelfii Kategoria:Zmarli w 1813