Po tym jak Meksyk stał się niezależny od Hiszpanii w 1823 roku Gwatemala anektowała część terytorium Petén-Itzá. W 1841 miejscowi właściciele ziemscy podejmują próbę utworzenia niepodległego Jukatanu, jednakże Republika Jukatańska nie zyskała międzynarodowego uznania. W 1847 wybuchają walki na tle etnicznym spowodowane przez dyskryminowanie Indian, duże obszary Quintana Roo ulegają zniszczeniu. W tym samym okresie dochodzi do podpisania traktatu Marshal Saint John, w wyniku którego zostaje ustalona granica na rzece Hondo, pomiędzy Meksykiem a Belize.
W 1901 roku ostatnia rebelia Majów zostaje brutalnie zdławiona. W roku 1902 Quintana Roo zostaje autonomicznym terytorium w ramach stanu Jukatan. Podczas prezydentury Lazaro Cardenasa obszar ten staje się odrębną jednostką administracyjną (terytorium), która uzyskuje status pełnoprawnego stanu dopiero 8 października 1974 roku.
Ze względu na swoje walory przyrodnicze i liczne stanowiska archeologiczne UNESCO w 1986 r. włączyło Quintanę Roo do swojego Programu Biosfery i Człowieka. Poza rozwijającą się turystyką stan pozostaje rzadko zaludniony i dysponuje niewielkim zapleczem przemysłowym.