Roślinność stanu można podzielić na cztery formacje: lasy, sawanny, mangry i rafy. W skład lasów wchodzą m.in.: mahonie, cedry i palmy. Do często spotykanych zwierząt należą: małpy, jelenie i paka nizinna. Występuje tu prawdziwe bogactwo różnych odmian ptaków, takich jak chociażby: papugi, gołębie czy indyki. Na sawanny składają się głównie pastwiska i zarośla. Wybrzeże porośnięte jest roślinnością namorzynową, środowisko to zamieszkują m.in.: krokodyl amerykański i meksykański, kaczki, pelikany i wiele gatunków ryb.
Ze względu na bogaty i zróżnicowany ekosystem utworzono tu wiele parków narodowych (np. Park Narodowy Tulum, Park Narodowy Isla Contoy, Park Narodowy Arrecifes de Cozumel, Park Narodowy Arrecife de Puerto Morelos i Park Narodowy Arrecifes de Xcalak, Park Narodowy Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc), wydzielone zostały też: Obszar Chronionego Krajobrazu Yum Balam, Rezerwat Biosfery Sian Ka’an oraz Rezerwat El Eden.