Pod koniec II wojny światowej, w lutym 1945, po przejęciu miasta przez armię radziecką, część kolekcji została wyrzucona przez okno. Niektóre z tych zabytków zostały uratowane przez ss. niepokalanki. Jedna z nich – Maria Krysta – napisała pierwszą po wojnie broszurę poświęconą historii miasta.
Reaktywacji muzeum w Szczecinku podjęli się m.in. Aleksander Stafiński i Anatol Sałaga, którzy zorganizowali Obywatelski Komitet Muzeum Szczecinka i Ziemi Szczecineckiej. W lipcu 1947 przejął wieżę św. Mikołaja jako tymczasową siedzibę muzeum.
We wrześniu 1957 roku Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Szczecinku powołało nowy Komitet Organizacyjny Muzeum. Organizację muzeum wspomógł też szczecinecki oddział Polskiego Towarzystwa Historycznego.
28 lutego 1958, podczas obchodów rocznicy przejęcia Szczecinka przez wojska radzieckie, otwarto Muzeum Ziemi Szczecineckiej. Chwilowo miało się ono mieścić w pokościelnej wieży św. Mikołaja, ale w niedalekiej przyszłości miało zostać przeniesione do zamku.
Obecnie siedzibą muzeum jest budynek przy ul. Szkolnej 1.