Prezydent Rajapaksa, stojący na czele Partii Wolności Sri Lanki (Sri Lanka Freedom Party) i startujący jako kandydat koalicji United People's Freedom Alliance, ubiegał się o reelekcję na stanowisku. Jego główny rywal, generał Fonseka, zdecydował się na udział w wyborach 29 listopada 2009. Już kilka dni wcześniej jego ewentualną kandydaturę poparła główna partia opozycyjna, Zjednoczona Partia Narodowa (United National Party) oraz opozycyjna partia komunistyczna, Janatha Vimukthi Peramuna (Ludowy Front Wyzwolenia). 12 listopada 2009 gen. Fonseka zrezygnował z funkcji Szefa Sztabu Obrony z powodu konfliktu z prezydentem wokół wkładu i zasług obu stron w zakończenie wojny domowej na Sri Lance i zwycięstwo nad Tamilskimi Tygrysami. W swoim przemówieniu Fonseka skrytykował rząd za ograniczanie wolności i mediów oraz przeciąganie procesu asymilacji uchodźców wojennych. Stwierdził, że władze nie potrafiły przywrócić normalności w kraju. Zobowiązał się do zreformowania uprawnień wykonawczych głowy państwa w ciągu sześciu miesięcy, przeprowadzenia wyborów parlamentarnych i uchwalenia nowej konstytucji, gwarantującej zasady demokracji, sprawiedliwości społecznej i wolności mediów.