najcenniejsze dokumenty zgromadzono na Zamku św. Anioła. Pius IV natomiast utworzył główne papieskie archiwum w Pałacu Apostolskim w Awinionie i podjął starania o sprowadzenie przynajmniej części dokumentów do Rzymu (pierwsza część została sprowadzona wcześniej, za Marcina V). Papież Paweł V nakazał utworzyć Tajne Archiwum Watykańskie, w którym znalazła się większość dokumentów papieskich, zgromadzonych przezeń z Biblioteca secreta, Zamku św. Anioła i Kamery Apostolskiej. Pozostawały one niedostępne dla osób spoza Watykanu do późnych lat XIX wieku. Taka sytuacja sprzyjała rozpowszechnianiu się pogłosek o tajemnicach skrywanych w Tajnych Archiwach Watykanu. Znajdowały się one w trzech salach Pałacu Apostolskiego, przy czym w 1660 oraz XX wieku udostępniano na coraz to powiększające się archiwum nowe pomieszczenia. W 1810 w trakcie wojen napoleońskich Archiwum Watykańskie zostało przewiezione do Paryża. Do Francji trafiło wówczas 3239 skrzyń z dokumentami. Powodem kradzieży było pragnienie cesarza, aby we Francji stworzyć centralne Archiwum Europy. W latach 1815–1817 część zbiorów zwrócono Stolicy Apostolskiej. Gdy materiały przewożono z powrotem do Rzymu, potrzebowano już 1000 skrzyń mniej.