1 maja operacja weszła w drugą fazę. Tego dnia posuwający się z Deh Parian batalion radziecki połączył się na przełęczy Andżuman z milicją islamicką, nacierającą od strony Koran wa Mundżan. 2 maja w północnych przełęczach Doliny śmigłowce wysadziły kolejne desanty radzieckie. Jednocześnie armia rządowa przystąpiła do pacyfikacji dolin Chindż, Hazara i Bazarak. Podczas tej operacji 900-osobowy oddział afgański w dolinie Chindż przeszedł na stronę mudżahedinow, co spowodowało wycofanie z walk pozostałych jednostek rządowych.
Równocześnie z głównym uderzeniem w Pandższirze, siły radziecko-rządowe prowadziły działania w rejonach sąsiadujących, mające na celu uniemożliwienie siłom Masuda wycofanie się oraz odcięcie ich od zaopatrzenia z zewnątrz (tj. z Pakistanu). Od 6 maja prowadziły działania bojowe w położonej po drugiej stronie głównego łańcucha Hindukuszu dolinie Andarabu. W tym samym czasie jednostki radzieckiej 201 dywizji zmechanizowanej i rządowej 20 dywizji piechoty podjęły akcję w rejonie Nahrinu i dolinie Chost wa Ferendż. Pod koniec pierwszego tygodnia maja, w przełęczy Kantiwar oddziały radziecko-rządowe zablokowały również jeden z głównych szlaków zaopatrzeniowych partyzantów biegnących z Pakistanu.