W 2001 roku zamieszany był wraz z innymi kolegami z reprezentacji (Harri Kirvesniemi, Janne Immonen, Mika Myllylä, Virpi Kuitunen i Milla Jauho) w największą aferę dopingową w historii fińskiego narciarstwa. Całej szóstce w czasie mistrzostw świata w Lahti udowodniono korzystanie z niedozwolonego preparatu HES. Wszyscy zostali zdyskwalifikowani na dwa lata. Isometsä stracił srebrny medal, który wywalczył w biegu łączonym na 20 km.
Po upływie zawieszenia w 2003 r. wrócił do uprawiania biegów, jednak nie osiągał tak dobrych wyników jak wcześniej. Po tym jak nie zakwalifikował się do reprezentacji Finlandii na igrzyska olimpijskie w Turynie zakończył karierę w styczniu 2006 r.
Najlepsze wyniki w Pucharze Świata osiągnął w sezonie 1999/2000, kiedy to w klasyfikacji generalnej zajął 2. miejsce, a w klasyfikacji średniodystansowej wywalczył małą kryształową kulę. Ponadto w sezonach 1993/1994 i 1995/1996 zajmował trzecie miejsce w klasyfikacji generalnej. Łącznie Isometsä 23 razy stawał na podium zawodów Pucharu Świata, w tym 4 razy zwyciężał.
Ma żonę Johannę oraz syna Eetu i córkę Aadę. Startował w wyborach do parlamentu w regionie Uusimaa, nie został jednak wybranyMieto ja Isometsä keskustan ehdokkaiksi .