Przy protestach opozycji zwyciężył w wyborach prezydenckich 6 października 2007 roku. 3 listopada 2007 ogłosił stan wyjątkowy, zawieszając konstytucję, a 29 listopada, podczas stanu wyjątkowego, został zaprzysiężony na drugą kadencję, tym razem już jako cywil.
Wobec grożącej mu ze strony parlamentu procedury zdjęcia z urzędu, w dniu 18 sierpnia 2008 zrezygnował z prezydentury. Jego następcą został mąż zmarłej 27 grudnia 2007, byłej premier Pakistanu Benazir Bhutto – Asif Ali Zardari.
W lutym 2011 trybunał antyterrorystyczny w Rawalpinidi wydał nakaz aresztowania Musharrafa w związku z podejrzeniem o współudział w zamordowaniu Benazir BhuttoNakaz aresztowania byłego prezydenta Pakistanu psz.pl [12-02-2011]..
Po rezygnacji z urzędu, Musharraf udał się na emigrację do Londynu. Powrócił jednak do kraju 24 marca 2013 by wystartować w wyborach prezydenckich zaplanowanych na maj 2013, jednak 16 kwietnia komisja wyborcza zdyskwalifikowała go z ubiegania się o urząd ze względu na ciążące na nim zarzuty. Ponadto były prezydent został zamknięty w areszcie domowym w willi w Islamabadzie.