Koniec XIX i początek XX wieku był okresem szybkiego rozwoju monasteru. Od 1890 prowadziła do niego linia kolejowa. W 1909, kiedy przełożonym klasztoru był archimandryta Sergiusz (Zajcew), przebywało w nim 34 mnichów. W sierpniu 1918 liczba ta spadła do 10. W tym samym roku Kazań został zajęty przez Korpus Czechosłowacki i oddziały Władimira Kappela, które wbrew woli zakonników rozmieściły na Górze Ziłantowej stanowisko artyleryjskie. 10 września Kazań został odbity przez Armię Czerwoną. Wszyscy mnisi Monasteru Ziłantowskiego zostali uznani za współpracowników białych i bez sądu rozstrzelani pod murem klasztoru. Z egzekucji zdołał uratować się jeden zakonnik, wzięty za zabitego. Schronił się on w monasterze św. Jana Chrzciciela w Kazaniu i opowiedział tam historię śmierci innych mnichów, którzy w 1998 zostali kanonizowani (Męczennicy Ziłantowskiego Monasteru Zaśnięcia Matki Bożej). W opustoszałym klasztorze zamieszkały mniszki, jednak i one na początku lat 20. zostały zmuszone do porzucenia tego trybu życia. Pierwotne zabudowania monasterskie zostały niemal całkowicie zniszczone.