Kolejnymi przykładami ewolucji biologicznej są powszechne i mało zmienione siedliska słodkowodne, imponująca różnorodność ekosystemów, rozległe stanowiska roślinności alpejskiej oraz ciągły rozwój populacji zwierząt, który jest związany z długoletnią izolacją geograficzną. Kryterium X – siedliska rezerwatu zawierają szeroką gamę endemicznych gatunków fauny Nowej Zelandii, która odzwierciedla długą ewolucyjną izolację jak i brak drapieżnych ssaków. Można tu wyróżnić między innymi takie gatunki jak: takahe, kiwi brunatny, kiwi szary, maorysek leśny, modrolotka żółtoczapkowa czy cyraneczka rdzawa. Gatunek najrzadszej i najcięższej papugi na świecie, kakapo, przetrwał w Parku Narodowym Fiordland początku lat 80. XX wieku. Obecnie jest uważany za wymarły na wolności, a jego przetrwanie zależy od starannego zarządzania ograniczoną liczbą osobników.
Środowisko abiotyczne Na obszarze rezerwatu przeważa krajobraz górski. W jego południowo-zachodniej części występują lodowce. Ponadto w Te Wahipounamu występuje 15 fiordów, szereg dużych jezior polodowcowych oraz moreny zbudowane ze skał ultramaficznych.
Występują tu różne typy krajobrazów – od przybrzeżnego do górskiego.