Powołanie metropolii kościelnych w Ameryce było przekuciem w czyn słów tego papieża z 1537: wszyscy Indianie są prawdziwymi ludźmi, zdolnymi nie tylko pojąć katolicką wiarę, ale (...) z wielkim upragnieniem oczekującymi chwili jej przyjęcia.
W XVI wieku z archidiecezji Limy wyodrębniły się jeszcze trzy diecezje: 27 czerwca 1561 – Santiago de Chile (obecnie archidiecezja Santiago de Chile) 15 kwietnia 1577 – Arequipa (obecnie archidiecezja Arequipa) i Trujillo (obecnie archidiecezja Trujillo).
W 1572 papież Pius V nadał arcybiskupom Limy tytuł Prymasa Peru, który potwierdzili Grzegorz XVI w 1834 i Pius XII w 1943 roku.
7 grudnia 1590 św. Turybiusz de Mogrovejo, arcybiskup Limy, założył seminarium duchowne w Limie. Było to pierwsze seminarium duchowne w Ameryce.
20 lipca 1609 powstała druga archidiecezja w Wicekrólestwie Peru – La Plata o Charcas (obecnie archidiecezja Sucre)
W dniu 19 października 1625 została konsekrowana obecna katedra w Limie. Trzęsienie ziemi z 28 października 1746 spowodowało poważne szkody w kościele.