Geneza thumb|left|USS "Shark" (SSN-591) typu Skipjack, bezpośredniego poprzednika typu Thresher Zarówno Związek Radziecki jak i Stany Zjednoczone rozpoczęły prace nad ich drugimi generacjami atomowych okrętów podwodnych już w czasie gdy dopiero rozpoczynały służbę prototypy jednostek pierwszej generacji. Okrętem prototypowym pierwszej generacji jednostek od początku konstruowanych jako okręty z napędem jądrowym był USS "Skipjack" (SSN-585), który wyszedł w morze w 1959 roku. Podstawą jego konstrukcji była siłownia z reaktorem S5W oraz kadłub wzorowany na kształcie opracowanym w ramach badań nad okrętem eksperymentalnym USS "Albacore" (AGSS-569) – co zapewniło nowemu okrętowi znakomitą sprawność podwodną.
W rzeczywistości jednak, okręty typu Skipjack zachowały zasadniczo tę samą broń, sensory oraz głębokość operacyjną co ich bezpośredni konwencjonalni i nuklearni poprzednicy. Podobnie jak poprzednicy też, "Skipjack" był bardzo głośny. Ostatnim czynnikiem wymuszającym na marynarce amerykańskiej opracowanie nowej generacji okrętów była łatwość śledzenia własnych jednostek za pomocą amerykańskiego systemu biernej obserwacji akustycznej oceanów SOSUS (Sound Surveillance System).