W dokumentacji Natura 2000 podkreślane jest znaczenie tego obszaru jako korytarza ekologicznego dla gatunków flory i fauny, który łączy lasy Europy Środkowej i Wschodniej. Puszcza Augustowska wraz z przylegającymi terenami leśnymi na Litwie i Białorusi stanowi jeden z największych zwartych kompleksów leśnych na nizinach Europy Środkowej.
Przyroda Ostoję Augustowską charakteryzuje rozległy i zwarty kompleks lasów, w którym przeważają bory sosnowe i świerkowe. Świerczyny zajmują zwykle bardziej wilgotne siedliska w północnej części kompleksu, bory sosnowe dominują w jego części południowej. Na przestrzeni kilkudziesięciu lat w Puszczy Augustowskiej zaobserwowano wzrost udziału świerka, zwłaszcza w płatach odmiany sasankowej kontynentalnego boru sosnowego świeżego. Pojawiły się również gatunki obce, jak dąb czerwony i czeremcha amerykańska, ale w stosunkowo małej ilości. Inne domieszkowe gatunki drzew i krzewów notowane na tym obszarze to dąb szypułkowy, jałowiec pospolity, leszczyna pospolita i kruszyna pospolita. Znajdują się tu fragmenty lasów o charakterze naturalnym, w tym z drzewostanami 180-letnimi sosnowymi i świerkowymi, w których drzewa osiągają do 40 m wysokości. Obszar cechuje się dużą liczbą otoczonych przez torfowiska jezior dystroficznych.